A OIM trabalha na área da Saúde com o intuito de garantir assistência humanitária nas áreas de maior precaução, que são da atenção primária à saúde por meio do suporte assistencial em saúde aos migrantes, além de treinamentos e pesquisas para capacitação de colaboradores e parceiros. As atividades são alinhadas e executadas em consonância com o Sistema Único de Saúde do Brasil.